Ali Burak Özkaya, BSc, PhD

Ege Biyokimya’da 2002’de başlayan üniversite serüvenimle beraber bilim, o zamana kadar ilgilendiğim kurgusunun ötesinde, kariyerim haline de gelmişti. Sonrasında 2006-2009 yılları arasında Dokuz Eylül Tıp Fakültesi’nde yüksek lisans yaptım. Kariyerimin kalanında sıkça kullanacağım proje/makale yazma becerisini kazandım, kanser biyolojisi ve çeşitli moleküler biyolojik teknikleri öğrendim. Aynı zamanda eğitim asistanlığı da yaptığım bu süreci tamamladıktan sonra bir yıl kadar Amerika’da MD Anderson Kanser Merkezinde, ilaç araştırma alanında araştırmacı olarak çalıştım. Pankreas kanserinde otofaji ile ilişkili proteinlerin tedavi hedefi olma potansiyelini incelediğimiz çeşitli çalışmalarda lab ve sunum/yazım becerilerimi geliştirdim ve nude farelerle (zenograft model) çalışmayı öğrendim.

2010’da Türkiye’ye dönerek Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde doktoraya başladım. Bu aşamada artık kendi kariyerimde ne çalışmak istediğime karar vermiştim: kanser metabolizması. Yüksek lisansımda olduğu gibi tezimin projesini kendim yazdım ve TÜBİTAK’tan destek aldım. Kanser hücre metabolizmasında Asetil-KoA kompartmentalizasyonunun etkilerini irdeledim. Doktoram boyunca proje, laboratuvar ve bütçe yönetimi gibi konularda kendimi geliştirdim. Almanya ortaklı IntenC projesi kapsamında bir süre Ulm’de transgenik farelerle çalıştım. Doktoram süresince eğitim asistanı olarak çalıştım ve formasyon eğitimi aldım.

Doktoramdan sonra bir süre ilaç ARGE firmalarında araştırmacı olarak çalıştım ve 2016’da akademiye dönerek İzmir Ekonomi Üniversitesi’nde öğretim elemanı olarak çalışmaya başladım. Üniversitede ilk yıllarda fakültenin sanal öğrenme ortamının kurulumunda görev aldım. Şimdilerde ise bu yapının yönetiminde çalışıyorum. Eğitim araştırmaları özellikle de elektronik ortamın ve bu ortamda üretilen verilerin eğitimin iyileştirilmesinde ve yönetsel karar verme süreçlerinin desteklenmesinde kullanım potansiyelini araştırıyorum.

Kanser hastalığı bana hep çok ilginç gelmiştir. Trajik etkilerini bir yana bırakacak olursak, bir hücrenin bütünün parçası olmayı reddetmesiyle ortaya çıkan bu transformasyonun tüm hastalıklar arasında oldukça özgün bir yeri olduğunu düşünüyorum. Kanser, köken aldığı hücreye ve kanserleşmesine neden olan mutasyonlara göre kendini çok farklı şekillerde gösterebilen bir hastalık. Kanser hücreleri: ölmeleri gerektiği zaman ölmeyen, durmaksızın bölünen ve bunun dışındaki hücreler arası sinyalleri umursamayan, hücresel varlığını, kompleks (insan) organizma(sı)nın önüne koymuş anarşist varlıklar. Tümör ise bu kanser hücrelerinden ve aklı çelinmiş/kaçırılmış bir çok farklı hücreden oluşan kompleks bir organ. Bana asıl cazip gelen ise bu kompleks sistemin metabolizmasıydı. Aslında özellikle doktoraya başlamadan önce fark ettiğim bir durum da beni bu konuya yönlendirmişti: yıllardır çalışılan sinyal yolaklarının aksine metabolik yolaklar daha kısıtlı sayıda ve daha elzemdi. Sinyal yolaklarındaki kompenzasyon mekanizmaları, bilinmeyen yollar (downstream/upsteam) ve olası etkileşimler nihayetinde hep çıkmaz sokaklara döndürüyordu. Bir yandan da hem biyokimyager hem de yıllarca otofaji çalışmış bir araştırmacı olarak metabolizma konusunda kendimi daha güvende hissediyor olmam da etkili olmuş olabilir.

Kanser biyolojisi konusunda özellikle hücre hattı düzeyinde yaptığım çalışmalar aynı zamanda klinik öncesi çalışma tasarımı konusunda da çalışılması gerektiği konusunda beni ikna etti. Bu konuda çok ciddi bir sıkıntı ve çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünüyorum, özellikle hücre kültürü çalışmaları, teknik altyapı ve malzemenin ulaşılabilirliği artmasıyla yaygınlaşırken kalite ve standartlardan ödün veriliyor. Bunun sonucunda güvenilir olmayan ve kliniğe aktarılamayan bir veri çöplüğü ortaya çıkmış oluyor. An itibariyle hücre kültüründe temel yöntemlerin ve yaklaşımların standartlaştırılması üzerine çalışıyorum.

Son yıllarda dikkatimi çeken farklı bir alan da yaşlanma. Yaşlanma ve kanser konularında örtüşen pek çok ortak var ve bunlar özellikle otofaji ve metabolizma ile ilişkili. Asetil-KoA kompartmentalizasyonunun yaşlanmadaki rolü ile ilgili bir çalışma yapma planım var. Henüz hayata geçirebilmiş değilim.

FEBS Network

Yıllardır Türk Biyokimya Derneği’ne ve dolayısıyla da FEBS’e (The Federation of European Biochemical Societies) üyeyim. Kongrelere elimden geldiğince katılmaya çalışıyorum, konuşmalar yapıyor, düzenlenen eğitimlere destek veriyorum . 2015 yılında FEBS tarafından “Young Scientist” olarak seçilip sözlü bildiri yapmak üzere Berlin’e gittim. 2019’da “FEBS educational fellow” olarak gittiğim Chester Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde bir dönem boyunca öğrencilerin biyokimya derslerine girdim. 2022 itibariyle de FEBS Network komitesi üyeliğine seçildim. Şimdilerde o sitenin eğitim kanalını yönetiyorum. Genç biyokimyager ve moleküler biyologlara FEBS’i takip etmelerini öneririm.